La temporada 1996 San Luis de Quillota participó una vez más en el Campeonato de Tercera División y la campaña de los canarios fue la siguiente.
Torneo Tercera División 1996 - Primera etapa.
Ubicación: 03
Partidos jugados: 18
Partidos ganados: 08
Partidos empatados: 06
Partidos perdidos: 04
Goles a favor: 35
Goles en contra: 21
Puntos: 30
Torneo Tercera División 1996 - Segunda etapa Play Off de promoción zona norte.
Ubicación: 02
Partidos jugados: 12
Partidos ganados: 06
Partidos empatados: 02
Partidos perdidos: 04
Goles a favor: 21
Goles en contra: 19
Puntos: 20
Torneo Tercera División 1996 - Play Off final.
Ubicación: 04
Partidos jugados: 06
Partidos ganados: 02
Partidos empatados: 00
Partidos perdidos: 04
Goles a favor: 05
Goles en contra: 16
Puntos: 06