Durante la temporada 2006, San Luis de Quillota participó en el Campeonato de Primera B, donde la campaña de los canarios y sus goleadores fueron los siguientes.
Torneo Primera B 2006 - Primera etapa.
Fecha 1: Ñublense 0 - San Luis de Quillota 1 (Patricio Pérez).
Fecha 2: San Luis de Quillota (Guillermo Corominas, Rodolfo Fernández, Carlos Pérez) 3 - Magallanes 1.
Fecha 3: Deportes Temuco 0 - 0 San Luis de Quillota.
Fecha 4: San Luis de Quillota (Guillermo Corominas) 1 - Unión La Calera 0.
Fecha 5: Lota Schwager 1 - San Luis de Quillota 0.
Fecha 6: San Luis de Quillota 0 - 0 Unión San Felipe.
Fecha 7: Provincial Osorno 1 - 0 San Luis de Quillota.
Fecha 8: San Luis de Quillota (Eduardo Sepúlveda) 1 - Deportes Melipilla 1.
Fecha 9: Provincial Curicó Unido 1 - San Luis de Quillota 0.
Fecha 10: Fernández Vial 0 - San Luis de Quillota (Jonathan Varas, Rodolfo Fernández) 2.
Fecha 11: San Luis de Quillota (Rodolfo Fernández en dos ocasiones) 2 - Deportes Copiapó 1.
Fecha 12: San Luis de Quillota (Rodolfo Fernández en dos ocasiones) 2 - Ñublense 1
Fecha 13: Magallanes 0 - San Luis de Quillota (Rafael Celedón, Sergio Moreno, Guillermo Corominas) 3
Fecha 14: San Luis de Quillota (Rafael Celedón, Carlos Pérez, Eduardo Reinoso) 3 - 0 Deportes Temuco.
Fecha 15: Unión La Calera 1 - San Luis de Quillota (Sergio Moreno, Jonathan Varas) 2
Fecha 16: San Luis de Quillota (Eusebio Díaz) 1 - Lota Schwager 1.
Fecha 17: Unión San Felipe 0 - San Luis de Quillota 0.
Fecha 18: San Luis de Quillota (Jonathan Varas, Sergio Moreno, Eduardo Sepúlveda) 3 - Provincial Osorno 2.
Fecha 19: Deportes Melipilla 0 - 0 San Luis de Quillota.
Fecha 20: San Luis de Quillota (Rafael Celedón) 1 - Provincial Curicó Unido 1.
Fecha 21: San Luis de Quillota 0 - Fernández Vial 2.
Fecha 22: Deportes Copiapó 2 - San Luis de Quillota (Carlos Galdames, Rafael Celedón) 2
Estadísticas generales primera fase.
Ubicación: 03
Partidos jugados: 22
Partidos ganados: 10
Partidos empatados: 08
Partidos perdidos: 04
Goles a favor: 27
Goles en contra: 16
Puntos:38
Torneo Primera B 2006 - Segunda etapa Liguilla de Campeonato.
Fecha 1: Lota Schwager 2 - San Luis de Quillota (Jonathan Varas) 1.
Fecha 2: San Luis de Quillota (Carlos Pérez) 1 - Provincial Curicó Unido 1.
Fecha 3: Fernández Vial 2 - San Luis de Quillota (Carlos Galdames, Rafael Celedón) 2
Fecha 4: San Luis de Quillota 0 - Deportes Melipilla.
Fecha 5: Ñublense 3 - San Luis de Quillota 0
Fecha 6: Unión La Calera 4 - San Luis de Quillota (Eduardo Reinoso) 1
Fecha 7: San Luis de Quillota (Rafael Celedón en dos ocasiones, Carlos Galdames) 3 - Unión San Felipe 0.
Fecha 8: San Luis de Quillota (Rafael Celedó, Eduardo Reinoso) 2 - Lota Schwager 2.
Fecha 9: Provincial Curicó Unido 2 - San Luis de Quillota (Jonathan Varas, Carlos Galdames) 2
Fecha 10: San Luis de Quillota (Gerson Martínez) 1 - Fernández Vial 3
Fecha 11: Deportes Melipilla 1 - San Luis de Quillota (Luis Reinoso) 1.
Fecha 12: San Luis de Quillota (Rafael Celedón) 1 - Ñublense 2.
Fecha 13: San Luis de Quillota (Rafael Celedón) 1 - Unión La Calera 1.
Fecha 14: Unión San Felipe 1 - San Luis de Quillota (Carlos Galdames, Patricio Pérez) 2
Ubicación: 05
Partidos jugados: 36
Partidos ganados: 12
Partidos empatados: 15
Partidos perdidos: 09
Goles a favor: 45
Goles en contra: 40
Puntos: 52
9 goles: Rafael Celedón
6 goles: Rodolfo Fernández
5 goles: Jonathan Varas, Carlos Galdames
4 goles: Luis Reinoso
3 goles: Guillermo Corominas, Carlos Pérez, Sergio Moreno
2 goles: Patricio Pérez, Eduardo Sepúlveda
1 gol: Eusebio Díaz, Gerson Martínez