La temporada 2009 San Luis de Quillota participó una vez más en el Torneo de Primera B, competencia en que logró quedarse con uno de los ascensos a la Primera División tras vencer en una llave de ida y vuelta a Curicó Unido, mientras que en la Copa Chile llegaron a la instancia de octavos de final, en la que cayeron por lanzamientos penales.
Copa Chile 2009
Cuarta ronda: Lord Cochrane 0 - 0 San Luis de Quillota
* San Luis de Quillota se impuso por penales 5 - 3
Quinta ronda: San Luis de Quillota (Mario Pierani, Alexis Flores) 2 - Universidad de Chile 2
* San Luis de Quillota se impuso por penales 5 - 3
Octavos de final: San Luis de Quillota (Leonardo Zaroza) 1 - Universidad de Concepción 1
* San Luis de Quillota perdió por penales 3 - 5
Torneo Primera B 2009 - Etapa Regional Apertura.
Fecha 1: San Luis de Quillota (Mario Pierani,en dos ocasiones) 2 - Deportes Copiapó 0.
* Por temas administrativos, San Luis pierde por dos a cero.
Fecha 2: Antofagasta 1 - San Luis de Quillota (Mario Pierani) 1
Fecha 3: San Luis de Quillota (Mario Pierani) 1 - San Marcos de Arica 0
Fecha 4: San Luis de Quillota - Bye
Fecha 5: Coquimbo Unido 0 - San Luis de Quillota (Mario Pierani) 1
Fecha 6: San Luis de Quillota 0 - Santiago Wanderers 1
Fecha 7: Unión La Calera 1 - San Luis de Quillota (Fernando Alves Machado) 1
Tabla Final Fase Regional.
Ubicación final: 04
Partidos jugados: 06
Partidos ganados: 02
Partidos empatados: 02
Partidos perdidos: 02
Goles a favor: 04
Goles en contra: 06
Puntos: 08
Torneo Primera B 2009 - Etapa Nacional Apertura.
Fecha 8: San Luis de Quillota (Carlos Escudero, Gerson Martínez en dos ocasiones, Mario Pierani) 4 - Provincial Osorno 0
Fecha 9: Deportes Concepción 0 - San Luis de Quillota 0
Fecha 10: San Luis de Quillota (Carlos Escudero) 1 - Naval 1
Fecha 11: San Luis de Quillota (Mario Pierani, Alexis Flores) 2 - Coquimbo Unido 0
Fecha 12: Deportes Melipilla 1 - San Luis de Quillota (Carlos Escudero) 1
Fecha 13: San Luis de Quillota (Mario Pierani, Felipe Arancibia, Emanuel Bazán) 3 - Puerto Montt 0
Fecha 14: San Marcos de Arica 1 - San Luis de Quillota 0
Fecha 15: San Luis de Quillota (Mario Pierani en tres ocasiones, Alexis Flores, Gerson Martínez) 5 - Unión La Calera 0
Fecha 16: Lota Schwager 0 - San Luis de Quillota 0
Fecha 17: San Luis de Quillota 0 - 0 Unión San Felipe
Fecha 18: Santiago Wanderers 0 - San Luis de Quillota (Fidel Córdoba) 1
Fecha 19: San Luis de Quillota (Mario Pierani, Gonzalo Lovera) 2 - Antofagasta 3
Fecha 20: Deportes Copiapó 0 - San Luis de Quillota (Alexis Flores, Carlos Escudero) 2
Tabla final - Torneo Apertura.
Ubicación final: 03
Partidos jugados: 19
Partidos ganados: 08
Partidos empatados: 07
Partidos perdidos: 04
Goles a favor: 25
Goles en contra: 12
Puntos: 31
Torneo Primera B 2009 - Etapa Regional Clausura.
Fecha 1: Deportes Copiapó 0 - 2 San Luis de Quillota (Mario Pierani, Carlos López) 2
Fecha 2: San Luis de Quillota (Mario Pierani) 1 - Antofagasta 0
Fecha 3: San Marcos de Arica 1 - San Luis de Quillota (Mario Pierani) 1
Fecha 4: San Luis de Quillota - Bye
Fecha 5: San Luis de Quillota (Sebastián Varas, Mario Pierani) 2 - 0 Coquimbo Unido.
Fecha 6: Santiago Wanderers 2 - San Luis de Quillota 0
Fecha 7: San Luis de Quillota (Mario Pierani) 1 - Unión La Calera 1
Tabla de Posiciones - Torneo Zona Norte Clausura.
Ubicación final: 02
Partidos jugados: 06
Partidos ganados: 03
Partidos empatados: 02
Partidos perdidos: 01
Goles a favor: 07
Goles en contra: 04
Puntos: 11
Torneo Primera B 2009 - Etapa Nacional Clausura.
Fecha 8: Provincial Osorno 0 - San Luis de Quillota (Alexis Flores) 1
Fecha 9: San Luis de Quillota (Fidel Córdova, Fernando Alves Machado) 2 - Deportes Concepción 1
Fecha 10: Naval 0 - San Luis de Quillota 0
Fecha 11: Coquimbo Unido 1 - San Luis de Quillota (Alexis Flores) 1
Fecha 12: San Luis de Quillota (Gerson Martínez) 1 - Deportes Melipilla 0
Fecha 13: Puerto Montt 1 - San Luis de Quillota 0
Fecha 14: San Luis de Quillota (Gerson Martínez, Sebastián Varas en dos ocasiones) 3 - San Marcos de Arica 1
Fecha 15: Unión La Calera 0 - San Luis de Quillota (Mario Pierani) 1
Fecha 16: San Luis de Quillota (Eduardo Arancibia, Gerson Martínez) 2 - Lota Schwager 2
Fecha 17: Unión San Felipe 0 - San Luis de Quillota 0
Fecha 18: San Luis de Quillota (Alexis Flores) 1 - Santiago Wanderers 1
Fecha 19: Antofagasta 1 - San Luis de Quillota (Gerson Martínez, Mario Pierani) 2
Fecha 20: San Luis de Quillota (Alexis Flores, Eduardo Arancibia, Juan Pablo Miño) 3 - Deportes Copiapó 2
Tabla de Posiciones - Final Torneo de Clausura.
1.San Luis (Quillota) 19 11 6 2 24-12 39
Ubicación final: 01
Partidos jugados: 19
Partidos ganados: 11
Partidos empatados: 06
Partidos perdidos: 02
Goles a favor: 24
Goles en contra: 12
Puntos: 39
Tabla de Posiciones Acumulada.
Ubicación final: 03
Partidos jugados: 38
Partidos ganados: 19
Partidos empatados: 13
Partidos perdidos: 06
Goles a favor: 49
Goles en contra: 24
Puntos: 70
Play off entre ganador del apertura y clausura.
Partido de ida: San Luis de Quillota (Leonardo Zaroza) 1 - Santiago Wanderers 2
Partido de vuelta: Santiago Wanderers 1 - San Luis de Quillota (Alexis Flores) 1
Liguilla de descenso - ascenso.
Partido de ida: San Luis de Quillota (Mario Pierani) 1 - Provincial Curicó Unido 2
Partido de vuelta: Provincial Curicó Unido 0 - San Luis de Quillota (Fernando Alves Machado, Alexis Flores, Bryan Danesi) 3
Goleadores San Luis de Quillota 2009.
21 goles: Mario Pierani.
10 goles: Alexis Flores
07 goles: Gerson Martínez
04 goles: Carlos Escudero
03 goles: Fernando Alves Machado, Sebastián Varas
02 goles: Eduardo Arancibia, Leonardo Zaroza, Fidel Córdova
01 gol: Carlos López, Felipe Arancibia, Emanuel Bázan, Gonzalo Lovera, Juan Pablo Miño, Bryan Danesi